包括基本软件和选购软件。前者主要包括各种常规扫描序列及一般后处理，是系统的标准配置软件。后者主要是一些特殊扫描序列和后处理，如弥散、灌注、心脏与血管分析、波谱、各种三维重建、自动移床等。需要指出的是，不同品牌或相同晶牌不同系列型号的机器标准配置软件是不同的，很多选购软件的应用要依赖于相应的硬件平台，某些硬件的性能优势必须通过相应的软件来实现。如敏感性编码技术(SENSE)只能应用于相控阵线圈；高速的扫描速度和五通道全脊柱相控阵线圈，如果没有自动移床软件(moving bed infusion tracking-MobiTrak)相配合，大范围的三维增强血管成像和全脊柱成像也只能望机兴叹。这也说明磁振的选购要以应用目的为指导，首先明确临床应用项目，根据这个软件选择相应的软、硬件，使系统真正满足应用需要并得到充分的资源利用。
